Plusem wyboru Zygmunta III były związki z dynastią, która rządziła krajem od XIV wieku. I powstanie na krótki czas nowej (choć obieralnej) dynastii w Rzeczypospolitej. Minusem – wciągnięcie kraju w dynastyczne konflikty ze Szwecją. Czasy Zygmunta III (40 lat panowania) to przeniesienie części kompetencji stolicy z Krakowa do Warszawy. W obecnej stolicy znalazła się siedziba monarchy, Sejm, tu wybierano króla. W Krakowie pozostała druga rezydencja – Wawel, będący nadal miejscem koronacji i pochówków panujących.
W relacjach z ludnością ruską Zygmunt (pod wpływem wybitnego doradcy, jezuity ks. Piotra Skargi) był wielkim orędownikiem unii kościołów wschodnich i zachodnich. Tak powstał obrządek grekokatolicki, wtedy zwany unickim. Wierni uznawali papieża i Rzym, ale pozostawali w obrządku wschodnim. Czas Zygmunta to odejście od tolerancji religijnej. Wzmocnienie magnaterii kosztem średniej szlachty (choć ta się jeszcze liczyła, katastrofa nastąpiła później). Po Zygmuncie władcą był jego syn – Władysław, znany jako Władysław IV Waza. Miał ambitne plany, umarł w przededniu katastrofy.