Awarie, opóźnienia i awantury towarzyszyły budowie zarówno pierwszej, jak i drugiej linii metra. I choć sama budowa podziemnej kolei była dla polityków okazją do autopromocji, sama struktura podziemnej kolei budzi wątpliwości. Chodzi o przebieg zarówno zbudowanych, jak i planowanych linii metra.
Największym absurdem warszawskiego metra jest fakt, że w przeciwieństwie do stolic europejskich warszawskie metro nie ma połączenia z Dworcem Centralnym, a więc głównym dworcem w mieście. Co więcej – nie ma połączenia z ŻADNYM dworcem kolejowym – na trzeciej linii ma znaleźć się wprawdzie dworzec Wschodni, ale budowa tej linii jest dopiero w planach. A z przedłużenia linii do dworca Zachodniego urzędnicy zrezygnowali. Linia metra nie dojeżdża też do lotniska – wydłużenie do Okęcia już dawno wypadło z planów.
Wątpliwości na pierwszej linii budzi jej przebieg – o ile odcinek z Kabat do Politechniki nie budzi wątpliwości, tak dalej pociągnięcie kolei pod Marszałkowską już tak. Metro iść powinno raczej dalej wzdłuż Al. Niepodległości, zahaczać o dw. Centralny. Zaś w przyszłości na linii wschód – Zachód powinna była powstać linia łącząca Wilanów z Powiślem i Białołęką. Dziś jej budowa byłaby niezasadna. Ponieważ linia M1 przebiega zbyt blisko.
W przypadku II linii problemem było pociągnięcie jej pod Wisłą – taniej i bezpieczniej byłoby wprowadzić rozwiązanie, w którym pociąg wyjeżdżałby z tunelu i jechał mostem przez Wisłę. Być może udałoby się uniknąć wpadek takich jak zalanie i zasypanie stacji Powiśle, przemianowanej później na Centrum Nauki Kopernik. (az).