Legia przed rundą wiosenną dokonała wzmocnień, drużynę zasilił między innymi reprezentant, Tomasz Sokołowski I. Rywalem w ćwierćfinale był Panathinaikos Ateny. W Warszawie na fatalnym boisku padł remis 0:0. W Atenach Grecy wygrali 3:0. A w półfinale namieszali, wygrywając na wyjeździe (po golu Krzysztofa Warzychy) z broniącym trofeum Ajaxem 1:0 (ostatecznie w finale grał Ajax). Legia odpadła z pucharu, w lidze wciąż liczyły się jednak dwa kluby. Decydujące było starcie z Widzewem w Warszawie.
Po golu Wieszczyckiego Legia prowadziła 1:0, jednak wyrównał Marek Koniarek, na 2:1 dla gości podwyższył Piotr Szarpak. Porażka 1:2 przesądziła o utracie tytułu przez legionistów. Ale też przesądziła o czymś więcej – odejściu niemal 80 proc. składu zespołu. Legię po sezonie opuścili m. in. – Maciej Szczęsny i Radosław Michalski, którzy trafili do Widzewa (!), Zbigniew Mandziejewicz, Marek Jóźwiak, Grzegorz Lewandowski, Leszek Pisz. Mimo to, kolejny, kapitalny sezon pokazuje, jaką potęgą byli wtedy legioniści. Pomimo osłabień w pucharze UEFA Legia wzięła rewanż na Panathinaikosie, przegrywając w Atenach 2:4 ale wygrywając 2:0 w Warszawie i awansując dalej. Odpadła w kolejnej rundzie po wyrównanych i dramatycznych bojach z Besiktasem Stambuł. W lidze znów dominowały dwa kluby – Legia i Widzew. I znów o mistrzostwie decydowało decydujące starcie. Legioniści prowadzili 2:0, by w ostatnich sekundach pozwolić sobie strzelić trzy bramki i stracić tytuł… Kolejny sezon 1997 – 1998, to powrót do Legii Romana Koseckiego. I również walka o mistrzostwo Polski. Z tym, że tytuł utracony już na kilka kolejek przed końcem (tym razem było zwycięstwo z Widzewem w Warszawie jesienią i porażka w Łodzi na wiosnę), jednak chyba rok 1998 można uznać za koniec. Wielkiej Legii lat 90-ych i dominacji Legii i Widzewa w polskiej lidze.